メタゲノム解析由来の環状ゲノムを機能情報とともに網羅的に視覚化するツールVicMAGの論文がpublishされました
当研究室の津田裕介 特定病院助教が開発したゲノム可視化ツール「VicMAG」に関する研究成果が、NAR Genomics and Bioinformaticsに掲載されました。
病原遺伝子や薬剤耐性遺伝子は、プラスミドやファージなどの可動性遺伝因子を介して細菌間を伝播します。近年、メタゲノム解析により、環境・排水試料から多数の環状ゲノム（circular metagenome-assembled genomes：cMAGs）を取得できるようになりましたが、これらを機能情報とともに一括して可視化するツールは限られていました。
そこで本研究では、cMAGs上の病原遺伝子、薬剤耐性遺伝子、プラスミドおよびファージを包括的に可視化するオープンソースツールVicMAGを開発しました。
排水試料のPacBio HiFiシークエンスデータから得られた353個のcMAGsを用いて検証した結果、226個のプラスミドを含む多数のcMAGsと、病原遺伝子と薬剤耐性遺伝子を一つの図に可視化しました。VicMAGにより、複雑な微生物群集におけるこれらの遺伝子の分布とゲノム上の位置関係を俯瞰でき、臨床・環境・One Health領域を横断したサーベイランスへの活用が期待されます。
詳細は、以下の論文をご参照ください。
VicMAG, an open-source tool for visualizing circular metagenome-assembled genomes highlighting bacterial virulence and antimicrobial resistance
